Создан надежный метод для выявления опасных мутаций в опухолевых образованиях.

Результаты исследования опубликованы в научном журнале Cancers. Химерные транскрипты представляют собой молекулы РНК, состоящие из экзонов (участков, информация с которых используется для синтеза белка) двух и более генов. Они оказывают влияние на рост опухолей и часто становятся целями для терапии.

Для изучения известных и поиска новых химерных транскриптов применяется несколько различных методов, однако каждый из них имеет свои ограничения: низкая чувствительность, неспособность различать мутации, действительно влияющие на рост опухоли, от тех, которые возникают случайно и не имеют функционального значения, и другие.

Исследователи из Института персонализированной онкологии НЦМУ «Цифровой биодизайн и персонализированное здравоохранение», созданного на базе Сеченовского Университета, разработали новый биоинформатический подход, который позволяет точно определять на основе данных секвенирования транскриптома клинически значимые мутации, возникающие при слиянии гена ALK с другими генами. Мутации гена ALK ассоциированы с высоким риском развития анапластической крупноклеточной лимфомы, нейробластомы, немелкоклеточного рака легкого, почечноклеточного рака и плоскоклеточного рака пищевода. Метод основывается на анализе покрытия экзонов — т.е. на частоте обнаружения молекул РНК для них в образце.

Учёные проанализировали данные РНК-секвенирования 906 образцов раковых опухолей человека. В качестве контроля использовали сразу две NGS-панели, применяемые в клинической практике для выявления химерных транскриптов. Новый метод позволил обнаружить химерные транскрипты с точностью до 96 процентов — что превышает результаты традиционных методов анализа. Кроме того, он помог правильно предсказать эффективность терапии у пациентов, от которых были взяты образцы.

«На сегодняшний день «золотым стандартом» для выявления химерных онкогенов является иммуногистохимическое исследование, но практика показывает, что оно нередко дает неточные результаты. В результате пациент получает лечение, которое оказывается неэффективным. Для другого метода анализа, FISH, необходимо заранее знать, слияние с каким геном мы ищем. У ALK есть известные «партнеры», но он может соединиться и с другим геном, и тогда этот химерный онкоген будет пропущен. Наш анализ точно указывает, есть ли химерный онкоген и какой именно», — сообщил главный научный сотрудник Института персонализированной онкологии, доктор биологических наук Антон Буздин.

Новый тест станет частью платформы для выявления онкогенов, над которой работают специалисты Института персонализированной онкологии совместно с компанией Oncobox. Тест-система для молекулярной диагностики опухолей обещает стать более точной и менее дорогой альтернативой существующим методам определения клинически значимых мутаций в опухоли, что поможет подобрать наиболее эффективную схему лечения.