Наукова програма місії Blue Ghost розрахована на два тижні. Вона включає вивчення реголіту та структури місячного надра, експерименти з уловлювання сигналів системи GPS на Місяці, визначення точної відстані між Землею та її супутником, випробування радіаційно стійкого комп'ютера та вимірювання взаємодії земної магнітосфери з сонячним вітром.